اما جنایت و هتک حرمت حرم امام رضا(ع) گویا از پدر به پسر نیز به ارث رسیده بود. دقیقاً چند ماه مانده به پیروزی انقلاب اسلامی، در ساعت ۵ عصر ۲۹ آبان ماه، این بار عمال پهلوی دوم بودند که در صحن گوهرشاد دست به جنایت زدند. 
نکته جالب، اشاره مکرر به این حادثه در اسناد مربوط به حوادث این تاریخ در میان سندهای باقیمانده در لانه جاسوسی آمریکاست که اهمیت این واقعه را نشان می‌دهد. از نکات جالب اشاره شده در این اسناد می‌توان در درجه نخست به موضوع حساسیت افکار عمومی به بی‌حرمتی نسبت به صحن و سرای امام رضا(ع) اشاره کرد. یکی از اسناد مهم آمریکایی‌ها علت لاپوشانی حکومت پهلوی در مورد این حادثه را این‌ گونه توجیه می‌کند: «اخبار این رویداد به کندی پخش شد. بر اساس شایعات، ساواک با آگاهی از اینکه این واقعه می‌تواند انفجارآمیز باشد سعی کرد اخبار به دیگر شهرها نرسد». 
در قسمت دیگری از این سند اما نشان داده می‌شود انزجار عمومی از این حادثه به حدی بوده که در اعتراض به آن و بنا بر فراخوان امام خمینی(ره) و سایر مراجع، در ۵ آذر «ایران عموماً تعطیل بود».
در سند دیگری کاملاً مشخص است که در نهایت آمریکایی‌ها به جایگاه حرم مطهر رضوی در میان ایرانیان و اهمیت حادثه تیراندازی و شهید شدن تعدادی از افراد در این حادثه پی می‌برند. دو تن از مأموران بلندپایه سفارت آمریکا در هفتم آذر با دو تن از بازاریان تهران به صورت مخفیانه ملاقات می‌کنند. این دو بازاری کشتار در مشهد را مانعی جدی در آشتی میان انقلابیون و حکومت پهلوی می‌دانند. از اهمیت این اسناد که بگذریم، اصل این ماجرا در کتاب «مشهد از مقاومت تا پیروزی» که توسط مرکز اسناد انقلاب اسلامی منتشر شده، این گونه روایت شده است:
مردم در این روزها بیشتر همایش‌های خود را در حرم مطهر برگزار می‌کردند و روز ۲۹ آبان عده‌ای از تظاهرات‌کنندگان در صحن عتیق هنگام ورود به صحن نو با پرتاب سنگ تابلو نئون سردر آگاهی حرم را شکستند. دژخیمان پهلوی به حرم مطهر امام رضا(ع) حمله بردند و تعدادی از زنان و مردان به شهادت رسیده و تعدادی نیز زخمی شدند. مأموران حتی در داخل حرم و رواق‌ها با مردم درگیر شده و به سوی آن‌ها شلیک کرده بودند. آن‌ها با پرتاب گاز اشک‌آور به داخل رواق‌ها مردم را متفرق کردند و در این جریان چادرها، کفش‌ها و کلاه‌های زیادی داخل رواق‌ها و صحن عتیق به زمین ریخته بود.
عده‌ شهدای این واقعه ۱۱ نفر اعلام شد. دلیل حمله‌ نظامیان به داخل حرم، نجات جان دو ساواکی بود که از سوی مردم شناسایی و دستگیر شده بودند. آیات عظام قمی و شیرازی با انتشار اعلامیه‌ای یورش دژخیمان رژیم پهلوی به حرم مطهر امام رضا(ع) را محکوم کردند.
آیت‌الله شیرازی روز ۳۰ آبان را تعطیل عمومی اعلام کرد و روز سی‌ام آبان در اجتماع پزشکان، دانشگاهیان و کارکنان بیمارستان شهناز پهلوی در بیمارستان شاه‌رضا، پس از سخنرانی، مأموران فرمانداری نظامی به داخل بیمارستان ریخته و مردم را متفرق کردند و پروفسور رضوانی و دکتر روحانی را با خود بردند و اجتماع‌کنندگان اعلام کردند تا بازگشت دو نفر یاد شده بیمارستان را ترک نخواهند کرد.
آن‌ها تمامی شب را در بیمارستان ماندند. فردای آن روز دانشگاه تعطیل شد و استادان و دانشجویان در محوطه‌ بیمارستان شهناز اجتماع کرده و آزادی دکتر روحانی و پروفسور رضوانی را خواستار شدند. عده‌ای از فرهنگیان نیز با اجتماع خود در دادگستری، برای آزادی دکتر روحانی و پروفسور رضوانی تلاش کردند. آیت‌الله مرعشی به‌ اتفاق چند تن از روحانیون از جمله شمس به بیمارستان رفته و به مردم پیوستند و در سالن مجتمع آموزشی سخنرانی کردند و نماز جماعت خوانده شد.
ساعت ۱۲:۴۵ دو نفر نامبرده به ‌وسیله‌ سرگرد طبرسی به بیمارستان وارد شده و به سوی سالن مجتمع آموزشی هدایت و مرعشی و همراهانش از بیمارستان خارج شدند.
محمد شهرستانی، حبیب بهار، محمود ضیائی، مسعود یغمایی و احمد صبوری یزدی، نمایندگان مردم مشهد در مجلس شورای ملی، روز سی‌ام آبان با ارسال نامه‌ای از طریق رئیس مجلس به تیمسار ارتشبد غلامرضا ازهاری نخست‌وزیر، مجازات متخلفان و آمران و عاملان تجاوز به حرم مطهر را خواستار شدند.
ساعت ۹ صبح تعدادی از طبقات مختلف مردم که بیشتر آن‌ها دانش‌آموز، دانشجو و روحانی بودند، در مقابل منزل آیت‌الله حاج آقا حسن قمی اجتماع و پس از آن به سمت منزل آیت‌الله سیدکاظم مرعشی حرکت کردند و شعارهایی علیه رژیم به ‌خاطر تیراندازی در حرم مطهر دادند. در ساعت ۱۱ صبح تعدادی از مردم در اطراف فلکه‌ ششم بهمن اجتماع کردند و با پرتاب نارنجک گاز اشک‌آور متفرق شدند.
روز دوم آذر، به‌ مناسبت یورش مأموران نظامی به حرم مطهر امام هشتم (ع) اعلامیه‌ای از سوی آیت‌الله شیرازی انتشار یافت و در اعتراض به این حوادث، روز یکشنبه ۵ آذر ۱۳۵۷ در سراسر کشور تعطیل عمومی اعلام شد و فردای آن روز امام خمینی و آیات عظام مرعشی، گلپایگانی و شریعتمداری نیز با صدور اعلامیه، ضمن محکوم ‌کردن جنایت عوامل رژیم پهلوی و در اعتراض به کشتار مردم در حرم مطهر توسط مأموران شاه، خواستار تعطیل عمومی در سراسر کشور شدند و در مشهد راهپیمایی عظیمی به راه افتاد. مردم شعار می‌دادند: «روز همه‌ شیعیان شام غریبان شده/  قبر امام هشتم گلوله‌باران شده».